Ở vi khuẩn (nhân sơ), enzym ARN pôlymêraza (Pol) tự nhận biết được vùng khởi động (promotor), nhưng nếu thiếu TBP (tức yếu tố sigma) thì nó không bám vào hộp TATA được và không dãn xoắn- tách mạch gen khuôn mẫu được, nên phiên mã không thể tiến hành (xem thêm trang Yếu tố phiên mã chung và trang yếu tố sigma).
Ở sinh vật nhân thực, hộp TATA là một chuỗi nuclêôtit cho biết nơi nào enzym ARN pôlymêraza có thể bắt đầu đọc và phiên mã gen. Nhưng dù có vai trò chủ chốt, Pol (ARN pôlymêraza) lại không có khả năng nhận biết hộp TATA, nên phải cần một tập hợp các phân tử giúp nó nhận biết, mà phân tử đầu tiên nhận biết là TBP. Xem thêm chi tiết ở trang Phức hợp tiền khởi đầu phiên mã.
Khởi động phiên mã là một trong những bước quan trọng trong quá trình biểu hiện gen. Gen không chỉ được phiên mã, mà còn phải được phiên mã vào đúng thời điểm mà tế bào sống đòi hỏi, từ đó các quá trình sinh học mới được thực hiện đúng. Việc phiên mã đòi hỏi enzym ARN pôlymêraza (Pol). Có nhiều loại Pol (ARN pôlymêraza), nhưng không có loại nào có khả năng tự lập hoàn toàn để bắt đầu phiên mã. Do đó, Pol cần có sự trợ giúp của nhiều yếu tố gọi là yếu tố phiên mã chung.
Trong các yếu tố phiên mã chung ở cả sinh vật nhân thực và sinh vật nhân sơ, đều có TBP, tuy có nhiều loại, khác nhau nhiều chi tiết, nhưng TBP là cần thiết để "khởi động" phiên mã trong một giai đoạn gọi là tiền khởi đầu phiên mã.
Ở sinh vật nhân thực, TBP là một tiểu đơn vị của yếu tố phiên mã TFIID để khởi động phiên mã của gen dù có hay không có hộp TATA. Xem chi tiết hơn vấn đề này ở trang Yếu tố phiên mã chung. Do đó, TBP (prôtêin liên kết hộp TATA) luôn là một công cụ khởi động phiên mã.[12]
Prôtêin liên kết TATA (TBP) là một yếu tố phiên mã chung liên kết cụ thể với chuỗi DNA được gọi là hộp TATA. Trình tự ADN này được tìm thấy khoảng vị trí - 30 (tức là cặp bazơ thứ 30 tính ngược lên đầu 5' của vị trí bắt đầu phiên mã (+1). TBP cùng với một loạt các yếu tố liên quan đến TBP, tạo nên TFIID, một yếu tố phiên mã chung tạo nên một phần của phức hợp tiền khởi đầu cho Poll II. Là một trong số ít các prôtêin trong phức hợp tiền khởi đầu liên kết ADN theo cách đặc hiệu với trình tự TATA, nó còn giúp Pol định vị đúng vị trí bắt đầu phiên mã của gen. Tuy nhiên, ước tính chỉ có khoảng 20% vùng khởi động (promoter) ở người là có hộp TATA. Do đó, ở người TBP có lẽ không phải là prôtêin duy nhất liên quan đến định vị Pol II.
Một đặc trưng nữa của TBP là có một chuỗi dài glutamine ở đầu N (đầu amin) của prôtêin này. Miền này điều chỉnh hoạt động liên kết gen của đầu C (đầu cacbôxyl) ảnh hưởng đến tốc độ hình thành phức hợp phiên mã và bắt đầu phiên mã. Đột biến làm tăng số lần lặp lại CAG mã hóa chuỗi polyglutamine này có thể làm tăng chiều dài chuỗi đó, liên quan đến spinocerebellar ataxia 17, gây thoái hóa thần kinh, đã được gọi là bệnh polyglutamine.
TBP cũng là một thành phần của Pol I và Pol III và do đó tham gia vào quá trình bắt đầu phiên mã bởi cả ba loại Pol này. Trong các loại tế bào cụ thể hoặc trên các cơ chất cụ thể, thì TBP có thể được thay thế bằng một trong một số yếu tố liên quan đến TBP.[13]
Vì TBP là một yếu tố phiên mã chung cần thiết cho cả ba loại polymerase RNA hạt nhân, nên nó là bắt buộc để phiên mã cho mọi gen. Hiểu biết tường tận mối quan hệ động giữa TBP với các vùng khởi động trên gen có ý nghĩa quan trọng đối với hiểu biết nguyên nhân các rối loạn di truyền trong di truyền y học.
